Em 2035, um incidente conhecido como The Burst ocorre em uma instalação de pesquisa japonesa, dando origem à matéria em rápida expansão, consumindo e auto-replicante. Percorrendo os restos de represas e instalações militares no desfiladeiro de Kurobe, a Matéria hostil é cercada por forças-tarefa que tentam impedir que ela chegue ao oceano e mercenários que buscam a verdade por trás de sua existência. Aiko Tachibana vive sob constante vigilância médica após ser resgatado da Matéria. Ela passa os dias esperando sua recuperação fazendo aviões de papel. Logo, sua vida cotidiana na escola é perturbada pela chegada da estudante transferida Yuuya Kanzaki, que passa a apontar várias inconsistências em relação ao seu corpo. Por que ela nunca se machuca e por que de repente não precisa mais da cadeira de rodas? Ele afirma que existe mais em sua existência do que ela foi levada a acreditar, e que ela é a única pessoa que detém a chave para acabar com The Burst.Com muitas facções agora interessadas em Aiko, ela e Yuuya devem reunir aliados e embarcar em uma perigosa peregrinação no coração do desfiladeiro infestado antes que a rede possa se fechar em torno deles. Para escapar da conspiração que se move contra eles, o par deve enfrentar a Matéria - um inimigo que flui como a água.