Millennium Research Institute, um escritório de aconselhamento onde chegam pedidos bizarros. O chefe do instituto de pesquisa, Ichirou Umoregi, também conhecido como Akuma-kun, um garoto genial que só aparece uma vez a cada 10.000 anos. No entanto, ele não conhece sua família verdadeira. Então Akuma-kun, junto com seu parceiro Mephisto III, perseguem o mistério de sua origem enquanto desafiam casos misteriosos nesta misteriosa história de detetive.