Na primeira temporada de B: The Beginning , dois homens confrontaram seu próprio passado com grande sacrifício. O detetive Maverick Keith Flick lutou contra seus demônios e finalmente expôs os segredos obscuros por trás do Reino de Cremona. O prodígio mutante Koku finalmente se reuniu com a memória mais preciosa de sua infância roubada. Vários meses se passaram desde então, e o mundo inteiro parece ter esquecido a turbulência causada por esses eventos. Enquanto Keith retorna à Polícia Real para conduzir sua própria investigação, Koku e Yuna tentam desfrutar de uma vida normal em paz. Mas as consequências dos experimentos de Jaula Blanca estão longe de estar extintas, como Koku logo descobre quando sua colega de laboratório supostamente morta, Kirisame, aparece de repente.