Na segunda temporada, com a troca de estúdio, estréia o novo estilo de desenho no anime. As beyblades são modelos em 3D. O sistema Magtran e uma nova protagonista, Hilary (Hiromi no original), que não luta, mas ajuda a equipe torcendo e treinando-os também são apresentados. Basicamente, os Bladebreakers lutam contra duas coisas. A organização Psykick, que quer roubar as feras-bit deles, no final, o grande chefe da organização, Zagart, revela que as queria por que só o poder delas poderia fazer Zeo (ZO no original), o seu filho-robô baseado no verdadeiro que morreu num acidente, virar um ser humano. A outra ameaça são os Santos Escudos (Saint Shields). No inicio, eles apenas desafiam-nos e mostram o quanto são fortes, mas depois revelam que também querem capturar as suas feras-bit para lacrá-las numa rocha e impedir assim que o poder delas seja usado para o mal.
