Alguns anos após as aventuras das Crianças Escolhidas no Mundo Digital, um novo lote de Crianças Escolhidas é convocado para salvar o Mundo Digital. Um governante do mal conhecido como Digimon Kaiser, ou Imperador Digimon, está forçando o Digimon do Mundo Digital a se escravizar. O novo grupo de Crianças Escolhidas, com a ajuda de seus Digimon, inicia uma jornada para deter o mal do Imperador Digimon.
