Senkuu tornou sua meta trazer de volta dois milhões de anos de realizações humanas e reviver a totalidade daqueles transformados em estátuas. No entanto, um homem está em seu caminho: Tsukasa Shishiou, que acredita que apenas o mais apto daqueles petrificados deve ser revivido. Conforme a neve derrete e a primavera se aproxima, Senkuu e seus aliados na vila de Ishigami terminam os preparativos para o ataque ao Império Tsukasa. Com um modelo de telefone celular reinventado agora à sua disposição, o Reino da Ciência está pronto para lançar seu mais novo esquema para recrutar um número considerável do exército de Tsukasa para o seu lado. No entanto, é uma corrida contra o tempo; pois a cada dia que o Reino da Ciência gasta aperfeiçoando suas invenções, o império cresce rapidamente em número. Reunindo-se com velhos amigos e ganhando novos aliados, Senkuu e o Reino da Ciência devem parar as forças de Tsukasa para cumprir seu objetivo de restaurar a humanidade e todas as suas criações. Com os dois lados em busca de seu mundo ideal, as Guerras de Pedra agora começaram!