A história do anime se desenvolve num futuro próximo, onde a Terra foi invadida e está em guerra com alienígenas de outra dimensão, os Nova. E conta a história de um jovem japonês, cujo nome é Kazuya Aoi, que se matrícula em uma escola especial para mulheres geneticamente modificadas, chamadas Pandoras, que lutam contra esses alienígenas. Há também seus parceiros do sexo oposto, chamados de Limiters, que usam um poder especial chamado "Freezing", que serve para limitar a mobilidade do oponente. O protagonista, se torna amigo de uma garota estranha e mais velha, Satellizer el Bridgette, a Pandora mais forte de sua turma, mas que ainda não encontrou o parceiro ideal para ser seu Limiter, e, mesmo com todos os avisos de seus amigos, ele decide se tornar o Limiter dela.
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