Anos atrás, todos os fantasmas em uma escola assombrada foram banidos por um determinado aluno. Agora, eles estão de volta - e eles querem vingança ...  Satsuki e Keiichirou Miyanoshita são dois irmãos se recuperando da trágica perda de sua mãe. Depois de se mudarem para a cidade natal de sua mãe, eles descobrem que a escola local para a qual se mudaram é um prédio antigo - que se diz ser assombrado. Apesar de inicialmente ignorá-lo como um boato bobo, os dois logo descobrem que os fantasmas são realmente reais e que eles estão atrás deles! Gakkou no Kaidan é a história assustadora da vida desses irmãos e de seus novos amigos enquanto tentam sobreviver aos fantasmas da escola - com uma pequena ajuda de seu gato de estimação ao longo do caminho.