Esta série apresenta uma história original, que retrata os jovens gênios Mei Kamino, uma pesquisadora, e Yun Arikawa, um engenheiro do sexo masculino, enquanto enfrentam uma ameaça sem precedentes com seus companheiros. Quando o perigo surge das profundezas, apenas os jovens gênios Mei, Yun e sua equipe podem enfrentar a ameaça em Godzilla Singular Point!