Depois de muitas dificuldades em sua vida, Chise Hatori acabou em um leilão, onde foi comprada e libertada pelo renomado feiticeiro Thorn, Elias Ainsworth, apenas para ficar e se tornar seu aprendiz. Embora sua vida seja maravilhosa agora, a chegada de um livro ilustrado, A Pequena Estrela Solitária, traz de volta memórias daqueles tempos difíceis e da solidão que ela sofreu. Quando criança, Chise experimentou uma grande tragédia: a morte de sua mãe. Evitada e indesejada por colegas e parentes, ela viveu uma vida desapegada e lamentável. No entanto, a descoberta inesperada de uma biblioteca misteriosa na floresta fornece a ela um lugar temporário de consolo. Ao ler inúmeros livros e passar um tempo com o bibliotecário bondoso, Chise lentamente começa a se sentir menos sozinha no mundo. Mas essa biblioteca peculiar poderia ter um lado sombrio?
