O palco é a cidade de Ayanagi, uma cidade próxima ao Mar do Japão. É uma cidade futurística que foi construída para realizar a recuperação da calamidade causada pela “Síndrome da Apatia” dez anos antes. O estudante do ensino médio Shin Kanzato com seu irmão mais novo Jun, encontram-se com seu irmão mais velho, Ryou, que é o chefe da Polícia da Cidade de Ayanagi, novamente depois de dez anos. Naquela época, uma série de incidentes estranhos acontecem na cidade de Ayanagi, como a tripulação de um submarino que desaparece repentinamente enquanto estava em seu submarino, ou um sintoma desanimador que perturba o mundo depois de dez anos, ou o caso do cadáver de dentro para fora onde um estudante assumiu uma aparência cruel. Ryou rastreia a organização por trás da série de incidentes e, tendo se envolvido nos incidentes, Shin desperta a “Persona”.
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