Shiki Toono acorda em uma enfermaria de hospital com a habilidade de ver linhas invisíveis. Esses fios finos, que compõem toda a matéria em Shingetsutan, destroem instantaneamente um objeto quando cortados. Shiki descobre que se ele traçar as linhas de algo, sua destruição logo ocorrerá. Enquanto mantém sua visão sobrenatural em segredo, Shiki passa a viver sua vida de segundo ano em paz. No entanto, essa paz dura pouco quando Shiki encontra uma mulher misteriosa com olhos vermelhos brilhantes em seu caminho de volta da escola. Após um súbito lapso psicótico, ele parece matar a mulher e desmaia logo depois. Como se as coisas não pudessem piorar, Shiki é atacado por um par de cães demoníacos no dia seguinte - enfrentando a morte certa, Shiki é salvo pela chegada oportuna da mesma mulher de ontem. Ela se apresenta como Arcueid Brunestud, uma princesa vampira. Decidindo se unir, Shiki e Arcueid embarcam em uma jornada para descobrir a verdade por trás de sua linhagem e a recente série de assassinatos na cidade.
