Depois de recuperar suas habilidades de lula, Ika Musume planeja retomar sua missão autoproclamada de destruir toda a humanidade. No entanto, seu trabalho despreocupado como garçonete na casa de praia de Lemon significava que ela não podia deixar de descansar durante seu tempo livre! Além disso, ela enfrenta muitos problemas, como ser perseguida por um grupo de indivíduos obcecados por alienígenas e atrair o interesse de uma garota maluca. Continuando após a conclusão da primeira temporada, Shinryaku!? Ika Musume segue a vida hilária de Ika Musume enquanto ela planeja sua próxima invasão ao mundo da superfície.