Três anos se passaram desde a decisiva batalha de Yamato Takeru trazendo a paz. Takeru, Oto e seus amigos, voltam para a aldeia e continuam a viver seus dias felizes, até que em uma noite, Shuranoo, pilotado por Mikazuchi, retorna e aparece na aldeia causando destruição. Takeru não tem escolha e é forçado a reativar Susanoo. No entanto, este é apenas o inicio da nova ameaça, e Takeru precisa se superar se quiser resgatar Oto do perigo iminente.
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