Mato Kuroi acabou de entrar no ensino médio e, no primeiro dia, alguém chama sua atenção; sua colega de classe Yomi Takanashi. A inocente e ingênua Mato e a madura Yomi. Aparentemente opostas, mas o tempo que elas passam juntas só fortalece sua amizade. Mas ao entrarem no segundo ano na escola, elas são colocadas em turmas separadas e começam a se distanciar. Mas, em algum lugar, ao mesmo tempo... Em outro mundo, uma jovem, com um fogo azul nos olhos, Black Rock Shooter enfrenta outra jovem que segura uma foice negra, Dead Master, e uma batalha até a morte começa a se desenrolar.
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