Masaru, estudante do segundo ano do ensino médio e lutador de rua invicto, está prestes a aprender o significado da palavra trabalho em equipe. Depois que Agumon escapa do DATS, uma organização que lida com Digimon, ele acaba em uma briga com Masaru. Logo Yoshino e Lalamon vêm capturar Agumon, e os dois lutadores escapam. Depois que um Digimon maligno aparece, cabe a Masaru e Agumon derrotá-lo com sua carga de DNA. Logo, Masaru deve se juntar ao DATS para pôr um fim aos Digimon chegando à Terra. Com a ajuda de Yoshino, Ikuto e Touma, o grupo deve parar qualquer Digimon maligno que aparecer e devolvê-lo ao Mundo Digital. Mas nem tudo corre como o planejado ...