Um inferno tecnológico disfarçado de paraíso, a Tsukimihara Academy é uma escola artificial que serve de cenário para a próxima Guerra do Santo Graal. Criada pelo computador da Moon Cell, a escola é habitada por almas projetadas na Terra que têm a menor aptidão para ser um Mestre. Dessas 256 almas, 128 serão escolhidas para o torneio principal e receberão um Servo. Com todos os mestres selecionados, a Academia ativa uma eliminação, visando as formas de vida restantes para eliminação. Despertando em uma poça de seu próprio sangue, Hakuno Kishinami se recusa a morrer. Alimentado por sentimentos desconhecidos de ódio, ele promete lutar pela sobrevivência. Enquanto ele luta para escapar de um perseguidor implacável, ele encontra uma lâmina carmesim mergulhada no chão; e, puxando-o para fora, Hakuno convoca seu próprio servo, Saber, que instantaneamente destrói seu perseguidor em uma enxurrada de pétalas de rosa. Com seu novo poder, Hakuno agora deve começar sua jornada para o núcleo da Moon Cell, a Angelica Cage. Lá, ele revelará a razão deste mundo artificial e os segredos de seu próprio passado encharcado de sangue.