O Labirinto é um espaço extenso no subsolo onde os humanos vivem em aglomerados conhecidos como colônias. Com o passar dos anos, a superfície se tornou uma memória distante - talvez até mesmo apenas uma fantasia para aqueles que nunca experimentaram suas maravilhas. Garantindo que a humanidade sobreviva às duras condições do subsolo, os cidadãos de uma colônia podem assumir uma variedade de trabalhos especializados. Isso inclui Trabalhadores, que extraem minério precioso para abastecer as colônias, e Marcadores, que viajam pelo ambiente surpreendentemente exuberante do Labirinto para trazer de volta informações que facilitam a navegação. No entanto, a humanidade também enfrenta uma ameaça à sua existência - criaturas chamadas kaijuu, cujos tamanhos variam de uma criança pequena a um edifício enorme, e são hostis a qualquer humano que encontrarem. Além disso, kaijuu grandes o suficiente podem forçar seu caminho para as colônias, aumentando ainda mais seu nível de ameaça. Memenpu é uma universitária de nove anos cujas invenções beneficiaram muito os trabalhadores de sua colônia local. Recentemente, no entanto, ela tem sonhado com um lugar com um teto sem fim, não limitado por uma rocha. Essas aspirações alimentam seu desejo de se tornar um Marcador e explorar o vasto desconhecido do Labirinto em busca de um lugar tão fantástico. Apesar da discordância veemente de seu pai Gagumber, um certo incidente com o kaijuu dá início a uma aventura perigosa, mas emocionante, que certamente alterará o curso da humanidade para sempre.