Fuu Kasumi é uma garçonete jovem e desajeitada que passa seus dias trabalhando pacificamente em uma pequena casa de chá. Isto é, até que ela acidentalmente derrame uma bebida em todo um de seus clientes! Com um grupo de samurais agora a atormentando incessantemente, Fuu chama desesperadamente outro samurai na loja, Mugen, que rapidamente os derrota com sua técnica de luta selvagem, utilizando movimentos que lembram os do break-dance. Infelizmente, Mugen decide lutar com o relutante ronin Jin, que exerce um estilo mais preciso e tradicional de luta com espadas, e este último prova ser um oponente formidável. O único problema é que eles acabam destruindo a loja inteira e acidentalmente matando o filho do magistrado local. Por seu crime, os dois samurais são capturados e prontos para serem executados. No entanto, eles são resgatados por Fuu, que contrata a dupla como guarda-costas. Embora ela não tenha mais um lugar para retornar, a ex-garçonete deseja encontrar um certo samurai que cheira a girassol e pede a ajuda do agora exonerado par para fazê-lo. Apesar de inicialmente desaprovar essa idéia, os dois finalmente concordam em ajudar a garota em sua busca; assim, o trio embarca em uma aventura para encontrar esse misterioso guerreiro - isto é, se Fuu pode impedir que Mugen e Jin se matem. Situado em um período Edo alternativo do Japão, Samurai Champloo segue a jornada desses três indivíduos excêntricos em uma jornada épica cheia de ação, comédia e luta de espadas dinâmica, tudo pronto para o ritmo de um quadril único -trilha sonora com infusão.