O Soul Translator é uma interface de mergulho completa de última geração que interage com o Fluctlight do usuário - o equivalente tecnológico de uma alma humana - e difere fundamentalmente do método ortodoxo de enviar sinais ao cérebro. O instituto privado Rath visa aperfeiçoar sua criação, contando com a ajuda do sobrevivente de Sword Art Online, Kazuto Kirigaya. Ele trabalha lá como funcionário de meio período para testar as capacidades do sistema no submundo: o reino fantástico gerado pelo Soul Translator. De acordo com o contrato de confidencialidade, quaisquer memórias criadas pela máquina no mundo virtual são apagadas ao retornar ao mundo real. Kazuto só pode se lembrar vagamente de um único nome, Alice, o que provoca uma sensação de desconforto quando mencionado na realidade.Quando Kazuto escolta Asuna Yuuki para casa uma noite, eles se deparam com um inimigo familiar. Kazuto é mortalmente ferido na luta que se seguiu e perde a consciência. Quando ele acorda, ele descobre que fez um mergulho completo no submundo, aparentemente sem nenhuma maneira de escapar. Ele parte em uma missão, buscando um caminho de volta ao mundo físico mais uma vez.