Academy City, Japão, está na vanguarda da ciência. Além de estar 30 anos à frente do mundo tecnologicamente, mais de três quartos da população dessa cidade peculiar consiste em estudantes desenvolvendo suas habilidades psíquicas como espers em várias instituições. Entre esses alunos está Touma Kamijou, um garoto do ensino médio com o nível psíquico mais baixo de zero, mas com um poder misterioso que nenhum cientista pode entender: Imagine Breaker, que lhe permite negar outras habilidades sobrenaturais. Isso, no entanto, não afeta a vida de Kamijou nem um pouco, pois ele desempenha seu papel como um adolescente normal; isto é, até ele conhecer o estranho Index Librorum Prohibitorum, uma jovem garota que memorizou a totalidade dos grimórios proibidos, e agora uma organização perigosa está caçando o Index. Com vários mágicos tentando prejudicar a garota, Kamijou defenderá seu novo companheiro a todo custo, enquanto ele descobre um novo e estranho reino do sobrenatural.
