10 anos após os eventos de xxxHOLiC Shunmuki, uma melancólica Kimihiro Watanuki assumiu a loja anteriormente administrada pelo misterioso Yuuko devido a uma promessa que ele fez a ela. Seus companheiros Maru, Moro e Mokona vivem juntos com ele em relativo contentamento, e alguns rostos familiares chegam de vez em quando: o ex-rival que se tornou amigo firme Shizuka Doumeki e o ex-prodígio psíquico Kohane Tsuyuri. Enquanto Kohane estuda folclore na Universidade de Doumeki, eles encontram um caso que é perfeito para o mestre da loja. Eventualmente, Watanuki recebe uma visita do avô de Doumeki, Haruka. Ele pede que Watanuki investiga os sonhos de seu neto. Enquanto dentro do mundo dos sonhos, ele descobre como suas aventuras passadas se desenrolaram da perspectiva de Doumeki, levando Watanuki a descobrir verdades de 10 anos atrás e segredos sobre os laços que unem sua amizade.
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