No reino de Earlshide, Merlin Wolford já foi considerado um herói nacional, aclamado por seu poder e realizações. Preferindo uma vida tranquila, no entanto, ele se isola nas profundezas da floresta rural, dedicando seu tempo a criar um órfão que salvou. Este órfão é Shin, um assalariado normal no Japão moderno que reencarnou no mundo de Merlin, embora ainda retenha suas memórias do passado. Com o passar dos anos, Shin exibe um talento incomparável tanto no elenco de mágica quanto nas artes marciais, para grande espanto de Merlin. Em seu aniversário de 15 anos, no entanto, torna-se aparente que Shin apenas desenvolveu suas habilidades de combate e nada mais, deixando-o com uma estranheza social flagrante, uma falta de bom senso e um senso de responsabilidade mediano. Como resultado, Shin se matricula na Academia de Magia do reino para aprimorar suas habilidades e amadurecer entre outros adolescentes. No entanto, viver uma vida normal é impossível, já que ele se estabeleceu como uma celebridade local assim que chega. Kenja no Mago segue a vida escolar de Shin Walford na capital enquanto ele faz novos amigos, aprende sobre o mundo e luta contra as várias forças do mal que o cercam e sua cidade.