Gen Kudou, um fabricante de koto, acredita que seu neto delinquente Chika nunca entenderia a profundidade do instrumento musical tradicional. Na tentativa de compensar sua ingenuidade e entender as palavras de seu falecido avô, Chika tenta entrar para o Tokise High School Koto Club. Mesmo que o clube precise urgentemente de sócios, o presidente do novo clube, Takezou Kurata, não está disposto a aceitar facilmente o pedido de Chika devido à sua má reputação. Mesmo assim, depois de ver a seriedade e o entusiasmo de Chika, Takezou permite que a criança problemática se junte a ele, junto com o prodígio do koto Satowa Houzuki e três dos enérgicos amigos de Chika. Kono Oto Tomare! segue o alegre grupo de músicos que desejam tocar na competição nacional.
