Com o aparecimento de um vírus misterioso que mata todos com mais de 13 anos, a humanidade torna-se escravizada por vampiros sedentos de poder, anteriormente ocultos, que emergem para subjugar a sociedade com a promessa de proteger os sobreviventes, em troca de doações de seu sangue. Entre esses sobreviventes estão Yuuichirou e Mikaela Hyakuya, dois meninos que foram levados cativos de um orfanato, junto com outras crianças que eles consideram família. Descontente por ser tratado como gado sob o reinado cruel dos vampiros, Mikaela inventa um plano de fuga rebelde que está condenado ao fracasso. O único sobrevivente a sair do outro lado é Yuuichirou, que é encontrado pela Moon Demon Company, uma unidade militar dedicada a exterminar os vampiros no Japão. Muitos anos depois, agora membro do Exército Demônio Imperial Japonês, Yuuichirou está determinado a se vingar das criaturas que mataram sua família, mas a que custo? Owari no Seraph é um shounen sobrenatural pós-apocalíptico que segue a busca de um jovem por vingança, enquanto luta por amizade e lealdade contra probabilidades aparentemente impossíveis.