Dois anos se passaram desde o ataque do CCG em Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido ao aumento da influência do CCG, os ghouls continuam a representar um problema, pois eles começaram a tomar cuidado, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG à sua existência. A criação de uma equipe especial, conhecida como Esquadrão Quinx, pode fornecer ao CCG o empurrão de que precisa para exterminar os residentes indesejados de Tóquio. Como humanos que se submeteram a cirurgias para usar as habilidades especiais dos carniçais, eles participam de operações para erradicar criaturas perigosas. O líder desse grupo, Haise Sasaki, é um meio ghoul, meio humano que foi treinado pelo famoso investigador de classe especial, Kishou Arima. No entanto, há mais neste jovem do que aparenta, com memórias desconhecidas em sua mente, lentamente lembrando-o da pessoa que ele costumava ser.