Continuação de Yokohama Kaidashi Kikou. No futuro próximo do Japão, o aquecimento global trouxe a grande cidade de Yokohama para debaixo d'água, e apenas as colinas permanecem acima da superfície do oceano. O que costumava ser uma das maiores cidades do Japão agora parece uma cidade pequena. Basicamente, a existência do próprio país insular foi ameaçada. No entanto, não há sentimento de desespero, devastação ou desesperança. As pessoas estão desfrutando de uma vida descontraída e parecem apreciar a companhia uma da outra, aproveitando o tempo calmo e pacífico juntos. Isso é especialmente verdade com Alpha, uma jovem despreocupada que administra um café, chamada Cafe Alpha. Ela gosta de sua vida mergulhando na bela natureza ao seu redor. Não há nada mais precioso para ela do que passar um tempo de qualidade com seus amigos gentis. Oh, a satisfação e a alegria que ela encontra na vida ... tudo indica que ela é um ser humano compassivo, mas ela não é completamente humana. Ela é realmente um robô do tipo A7M2. Um dia, ao ouvir uma previsão de rádio avisando um tufão se aproximando, sua velha amiga que mora perto a convida para o posto de gasolina que ele dirige, preocupada com o fato de seu antigo café não resistir ao tufão. De fato, a passagem do tufão deixa Alpha com seu café gravemente danificado. É quando ela decide fazer uma jornada para arrecadar dinheiro para reconstruir seu café, e também para ver o mundo exterior longe de seus amigos e do conforto de uma vida pacífica.
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