O ano é 1983. A Guerra Fria está em pleno vigor e a humanidade está sob ataque. Alienígenas estranhos, com o nome BETA, desceram à Terra com o objetivo de destruir toda a vida. Os soldados foram encarregados de pilotar grandes trajes de combate chamados Tactical Surface Fighters para repelir os invasores alienígenas, mas a linha de frente está lentamente sendo empurrada de volta para as cidades sobreviventes. Schwarzesmarken segue a história do Segundo Tenente Theodor Eberbach e dos outros membros do 666º esquadrão da TSF, uma unidade implacável que valoriza a conclusão de uma missão sobre a vida humana. Instalada na Alemanha Oriental e liderada pela heroína de guerra Capitã Irisdina Bernhard, a unidade é especializada em ataques de contra-ataque ao BETA da classe laser. Mas o 666º esquadrão se encontra com mais inimigos do que apenas as forças alienígenas quando o novato otimista Katia Waldheim se junta ao esquadrão, chamando a atenção da polícia secreta da Alemanha Oriental, a Stasi.